В состав Департамента входят:

• организационный отдел;
• юридический отдел, внутренний номер 328;
• отдел аккредитации;
• отдел информационного и программного обеспечения;
• административно-хозяйственный отдел; 
• сектор персонала;
• сектор пресс-службы.

Основными направлениями деятельности являются:

• утверждает критерии аккредитации и перечня документов, формы аттестата, заявлений, требования к аудитору и экспертам, состав сведений о результатах деятельности аккредитованных лиц, методику отбора аудиторов и экспертов, положение об аттестационной комиссии, перечень областей аттестации аудиторов, областей специализации экспертов, порядок оценки предложений аудитора о привлечении экспертов, необходимых для проведения экспертизы представленных аккредитованным лицом документов и сведений, проверки на месте соответствия заявителя, аккредитованного лица критериям аккредитации; 
• устанавливает порядок аттестации аудиторов, экспертов и технических экспертов, включения физических лиц в реестр аудиторов и экспертов, проведения проверки экспертного заключения, отчетов проверки на месте, экспертного заключения на предмет соответствия требованиям законодательства об аккредитации в республиканской системе аккредитации, раскрытия информации о размерах платы, определенных в соответствии с методикой определения размеров платы за проведение экспертизы и проверки на месте;
• издаёт нормативные правовые акты в установленных сферах деятельности, принимает участие в разработке проектов законов и иных нормативных правовых актов, направленных на регулирование отношений в сфере сотрудничества между административно – территориальными единицами, осуществляет контроль за исполнением нормативных правовых актов Главы Донецкой Народной Республики, Совета Министров Донецкой Народной Республики, Министерства в установленной сфере деятельности;
• осуществляет мероприятия по созданию информационных систем в Министерстве;
• осуществляет подбор кадров для работы в Министерстве, формирует кадровый резерв, организует работу по подготовке, переподготовке и повышению квалификации сотрудников Министерства;

• издаёт нормативные правовые акты, рассматривает жалобы на постановления по делам об административных нарушениях, вынесенные подведомственными организациями, организует ведение делопроизводства и архива в Министерстве;